HDX-MS (Hydrogen Deuterium Exchange Mass Spectrometry) – silný nástroj pre charakterizáciu štruktúry proteínov

Štruktúra proteínov a ich komplexov je úplne zásadná pre pochopenie ich funkcie. S ohľadom na to dnes existuje celý rad vedeckých prístupov a techník ako je X-lúčová kryštalografia, nukleárna magnetická rezonancia (NMR) alebo kryo-elektrónová mikroskopia (cryo-EM). Tieto však nie vždy dovoľujú štúdium proteínov v ich natívnom stave alebo sú limitované počtom aminokyselín (NMR).

Hydrogen Deuterium Exchange Mass Spectrometry, čiže hmotnostná spektrometria s deutériovou výmenou (HDX-MS) je metóda na stanovenie celkovej štrukturálnej informácie proteínov a štruktúrnej biológie. Jej výhodou je možnosť štúdia proteínových komplexov v natívnom usporiadaní, minimálne požiadavky na množstvo vzorky a tiež voľnosť vo výbere proteomického experimentu (Bottom-up MS s možnosťou ETD fragmentácie, Intact/top-down MS s možnosťou ETD fragmentácie).

Princíp experimentu je veľmi zjednodušene založený na inkubácii proteínu v deutérovanom tlmivom roztoku počas definovaného času, pri ktorej dochádza k výmene atómov vodíka a deutéria na amidovej kostre proteínu. Miera tejto vodíkovo-deutériovej výmeny dáva informáciu o vzťahu proteínu k rozpúšťadlu a následne o jeho štruktúre a konformácii.

Z hľadiska inštrumentácie je u tohto prístupu kritické rozlíšenie (veľké množstvo izotopových obálok), citlivosť (malé množstvo vzorky), fragmentácia intaktná k deuteriám na amidovej kostre (ETD, Electron Transfer Dissociation) a presne vyvinutý softvér.

Hybridné vysokorozlišovacie hmotnostné spektrometre radu Exploris™ na báze orbitálnej pasce v spojení s  BioPharma Finder™ softvérom, oboje od Thermo Scientific™, sú tak úplne ideálnou voľbou.

Automatizácia inkubačného procesu je realizovaná cez platformu H/D-X PAL™, Hydrogen Deuterium Exchange Sampler.

Pre viac informácií navštívte dedikovaný web alebo stiahnite White Paper .

Váš tím PRAGOLAB s.r.o.